Le run Wolverine de Mark Millar est construit autour de deux storylines consécutives — Enemy of the State et Agent of S.H.I.E.L.D. — qui fonctionnent comme un seul récit complet: Wolverine est capturé, lavé du cerveau par HYDRA et la Main, utilisé comme arme contre chaque héros Marvel qu'il connaît, puis déprogrammé et lâché pour traquer tous les responsables. John Romita Jr. livre l'une des performances artistiques définissantes de sa carrière.